В реестр организация была включена 8 декабря 2015 года по итогам проверки Министерства юстиции
18 апреля 2017 года руководитель Правозащитной организации «МАШР» Магомед Муцольгов сделал запись в своём блоге на портале «Кавказский узел», в которой сообщил о том, что «МАШР» исключили из реестра организаций, выполняющих функции иностранных агентов
Напомним, что в реестр организация была включена 8 декабря 2015 года по итогам проверки Министерства юстиции
Напомним, что проверка организации АНО ПО «МАШР» проводилась Минюстом в начале сентября 2015 года. 28 сентября «МАШР» получил акт проверки и предупреждение о нарушении законодательства: чиновники сочли, что устав организации не соответствует действующему законодательству. «МАШР» также пригласили на составление двух административных протоколов — якобы, организация не предоставила все затребованные для проверки документы, а кроме того, «МАШР» не подал заявку на включение в реестр НКО, выполняющих функции иностранного агента, несмотря на то, что организация получает иностранное финансирование и, по мнению Минюста, занимается «политической деятельностью».
7 октября 2015 года Магомед Муцольгов обжаловал результаты проверки в суде. В иске он отметил целый ряд нарушений, допущенных Минюстом при проверке, а также указал, что организация не занимается политической деятельностью. Муцольгов просил признать акт проверки и предупреждение незаконными и отменить их, а производство по административным делам прекратить.
13 ноября 2015 года Магасский районный суд Республики Ингушетия удовлетворил иск АНО «МАШР» по формальным основаниям (нарушения в ходе проверки), акт проверки признал незаконным и отменил предупреждение о нарушении законодательства. Соответственно, потеряли юридическую силу и два протокола об административных правонарушениях. Но вместе с тем суд вынес частное определение по этому делу и направил его в прокуратуру Ингушетии и Минюст. В документе, в частности, указано: «Изложенные обстоятельства по итогам разбирательства по административному делу приводят суд к выводу о том, что «АНО „МАШР“ (так в тексте определения, правильно — АНО ПО „МАШР“ — прим. ПЦ „Мемориал“) может соответствовать определению некоммерческой организации, выполняющей функции иностранного агента». Суд обязал Минюст принять меры по устранению нарушений закона в деятельности АНО «МАШР». Таким образом, суд, выходя за пределы своих полномочий, фактически выступил в качестве надзорного органа и указал Минюсту, что именно следует отметить в следующем акте проверки.
6 ноября 2015 года около 7:00 в офис правозащитной организации «МАШР» в Карабулаке явились несколько десятков сотрудников ГУ МВД России по СКФО. Они предъявили постановление Верховного суда Республики Ингушетия от 20 октября 2015 года о проведении по адресу НКО «оперативно-розыскной деятельности»: обследования (досмотра) помещения, здания, сооружения, участков местности и транспортных средств. В постановлении также было сказано, что обследование проводится на основании информации о том, что Магомед Муцольгов, "действуя в интересах и по указанию зарубежныхз НКО", реализует различные экстремистские проекты и при этом тщательно скрывает свою причастность к экстремистской деятельности. В ходе обыска, который продолжался в течение нескольких часов, сотрудники ГУ МВД России по СКФО изъяли всю документацию организации, забрали также компьютеры, планшеты, телефоны, фото- и видеотехнику.
9 декабря 2015 года Магомеда Муцольгова вызвали для беседы в МВД РИ. Опрос вел следователь по особо важным делам следственного отдела следственного управления МВД РФ по РИ Н. Ф. Соколов. При опросе присутствовал адвокат Муцольгова Д. Абубакаров. Следователь показал Муцольгову список названий файлов и попросил указать, какие из них ему знакомы, особое внимание следователь обратил на файл под названием «Мои любимые». По словам Муцольгова, многие из перечисленных названий были ему не знакомы, в том числе и этот файл. Следователь сообщил ему, что при осмотре жесткого диска компьютера, изъятого во время обыска в офисе «МАШР», обнаружили несколько файлов с запрещенными материалами, среди прочих и файл «Мои любимые», содержащий детскую порнографию. Магомед Муцольгов публично заявил, что не имеет к нему никакого отношения.
26 декабря 2016 года следователем по особо важным делам Следственного отдела по г. Карабулак Следственного Управления СК РФ по Республике Ингушетия подписал Постановление об отказе в возбуждении уголовного дела в отношении руководителя АНО ПО «МАШР» Магомеда Муцольгова, в связи с отсутствием события преступления.
В октябре 2016 года республиканская прокуратура совместно с Минюстом, ОБЭП и ЦПЭ МВД РФ по РИ проводили проверку НКО, имеющих иностранное финансирование. Тогда и было установлено, что АНО ПО «МАШР» не имеет иностранного финансирования. В январе 2017 года Магомед Муцольгов обратился с заявлением об исключении его организации из реестра организаций, выполнявших функцию иностранного агента, в связи с отсутствием финансирования, что подтверждалось результатами октябрьской проверки. Минюст назначил новую проверку в АНО ПО «МАШР» и провел её в марте 2017 года. Факт отсутствия иностранного финансирования был подтверждён. Письменное уведомление об исключении АНО ПО «МАШР» руководитель организации ещё не получил, но по состоянию на 18 апреля 2017 года «МАШР» в реестре уже не значится.